Na kraju prvenstva 2011/12 iz svake skupine Treće HNL obvezno ispada posljednjeplasirani klub, te onoliko klubova koliko je potrebno da sukladno ovim Propozicijama i propozicijama četvrtog stupnja natjecanja u natjecateljskoj godini 2012/13. pet skupina Treće HNL- Sjever, Zapad, Jug, Središte i Istok broje 16 klubova.
U odgovarajuću skupinu Treće HNL u natjecateljskoj godini 2012/13 ulaze klubovi koji su ispali iz Druge HNL, klubovi Treće HNL iz natjecateljske godine 2011/12 koji nisu ušli u Drugu HNL niti ispali iz Treće HNL i određeni broj najbolje plasiranih klubova iz odgovarajuće skupine Četvrte HNL, te predstavnici međužupanijskih i županijskih liga, a sve u broju da skupine Treće HNL u prvenstvu 2012/13. imaju 16 sudionika.
Iz međužupanijskog i županijskog stupnja natjecanja u pojedinu skupinu Treće HNL u natjecateljskoj
godini 2012/13. ulaze:
a) Skupina Istok – prvak međužupanijske lige NS Osječko-baranjske i Vukovarsko-srijemske županije
- pobjednik kvalifikacija prvaka prve županijske lige NS Brodsko-posavske i Požeško-slavonske županije
b) Skupina Sjever – 14-to plasirani klub skupine Sjever nakon prvenstva 2011/12 igra kvalifikacije po kup sustavu s prvakom prve županijske lige svog županijskog nogometnog saveza. Pobjednik kvalifikacija ulazi u Treću HNL. Ostali prvaci prvih županijskih liga s područja ove skupine igraju međusobno kvalifikacije po kup sustavu igraju kvalifikacije. Pobjednik kvalifikacija ulazi u Treću HNL.
Iz Četvrte HNL skupine Zapad u Treću HNL Zapad ulaze najbolje plasirani klubovi iz prvenstva 2011/12.,te pobjednik kvalifikacija prvaka prve županijske lige nogometnih saveza Istarskog, Primorsko-goranskog i Ličko-senjskog i najbolje plasiranog kluba Četvrte HNL Zapad koji nije izravno ušao u Treću HNL, a sve do broja od 16 sudionika u skupini Treće HNL.
Iz Četvrte HNL skupine Središte u Treću HNL Središte ulazi onoliki broj klubova, prema plasmanu na kraju prvenstva 2011/12., iz svake podskupine koliko je potrebno da Treća HNL skupina Središte, broji 16 klubova. Ako za popunu skupine Treće HNL bude potreban neparan broj klubova, jednakoplasirani klubovi iz podskupina skupine Četvrte HNL Središte igraju za jedno mjesto u Trećoj HNL kvalifikacije po dvostrukom kup sustavu.
U skupini Jug za ulazak u Treću HNL Jug kvalifikacije igraju prvaci podskupina A, B i C.
[uredio rebels92 - 24. kolovoza 2011. u 22:51]