HNK Šibenik osnovan je 1. prosinca 1932. godine pod imenom RSD Šibenik.

U 1. HNL su igrali od 1992. do sezone 2002./03., kada ispadaju u 2. HNL, a u najviši rang hrvatskog nogometa vraćaju se 2006. Uz to su imali i malo sreće jer kao prvak Druge lige - jug nisu trebali igrati dodatne kvalifikacije s prvakom Druge lige - sjever, koji nije dobio licencu za prvu ligu.

U sezoni 2006./07. ostvaruju najveći dotadašnji uspjeh u povijesti, 4. mjesto u HNL.

U sezoni 2009./10. ulaze u finale Hrvatskog kupa s Hajdukom, a kao četvrtoplasirana momčad 1. HNL ostvaruju premijerni nastup u kvalifikacijama za plasman u grupnu fazu Uefine Europske lige gdje Šibenik ispada u 2 pretkolu od ciparskog Anorthosisa iako su prvu utakmicu pobjedili u gostima 2:0 (uzvrat je igran na Poljudu 0:3)

2008. godine klub je dobio Trofej podmlatka, najvišu nagradu Hrvatskog nogometnog saveza.

U sezoni 2011./12. Šibenik osvaja 14. mjesto u 1. HNL i po propozicijama natjecanja, u sezoni 2012./13. nastavlja se natjecati u 2. HNL.

U sezoni 2012./13. Šibenik osvaja 4. mjesto u 2. HNL, ali zbog financijskih problema nastavlja se natjecati u 3. HNL.

U sezoni 2013./14. Šibenik osvaja 2. mjesto u 3. HNL - Jug i ne uspijeva se plasirati u viši rang natjecanja. Igrač Šibenika Miro Slavica osvojio je titulu najboljeg strijelca lige.

U sezoni 2014./15. Šibenik osvaja 1. mjesto u 3. HNL - Jug, čime je izborio pravo nastupa u 2. HNL za sezonu 2015./16

U sezoni 2019/2020 koja je prekinuta radi korona virusa Šibenik je izborio direktan plasman u 1 HNL.

Domaći teren se zove Šubićevac, kao i dio grada u kojem je igralište smješteno. Kapacitet stadiona iznosi ~4000 sjedećih mjesta te je domaći teren kluba od 1948. godine.Stadion je nedavno dotjeran za finale kupa (postavljene nove stolice,obnovljeni reflektori,obojena ograda,zamjenjene stolice)

Godine 2016. završeno je uređenje pomoćnog terena s umjetnom travom, što je uvelike pomoglo radu u Omladinskoj školi.

Šibenik u povratniču sezonu ulazi poprilično nespreman,a najveći problem su naravno financije,iako postoje nekakve naznake da bi se uskoro moglo nešto desiti po tom pitanju (kolumbijski investitori).

Trener HNK Šibenik je Krunoslav Rendulić koji je prije njih trenirao Istru,što se kadra tiče ima tu nekoliko zanimljivih mladih igrača na koje svakako treba obratiti pozornost,a ističu se Marko Bulat,Nediljko Labrović,Prince Ampem,Silvio Anočić,Emir Sahiti.

Trenutno traže pojačanja u obrani,a neki od igrača s kojima se pregovara su Marcus Pavić, Josip Kvesić, Marin Ljubičić,Frano Čirjak,Marin Jakoliš.