U pauzi između jesenskog i proljetnog dijela sezone 2011./12. suočeni sa suspenzijom kluba i upitnim nastavkom natjecanja, a tražeći izlaz iz teške financijske situacije u koju je dugogodišnji nositelj kvalitete nogometa sjeverozapadne Hrvatske upao, rukovodstvo kluba je tada osnovalo pravni subjekt NK Varaždin Školu nogometa, kao rezervnu opciju u slučaju stečaja kluba. Taj je „klub unutar kluba“ u vrijeme pokušaja spašavanja starog kluba postupkom preoblikovanja, koje je prije i poslije iskoristio kao slamku spasa veliki broj hrvatskih sportskih klubova, služio za financiranje zajedničkog pogona oba kluba, te kao klub za ulazna godišta po kategorijama „originalnog“ kluba, dijeleći trenerski kadar, opremu, infrastrukturu, simbole kluba... NK Varaždin ŠN uključila se u sezoni 2012./13. u posljednji rang natjecanja, 2. županijsku ligu, iste sezone u kojoj se suspendirani seniori matičnog kluba, za razliku od ostalih kategorija kluba, nisu ni natjecali. Stari se klub nastavio natjecati iduće sezone u 3. HNL, a zamisao je bila da tu i ostane dok se ne provede najavljeno preoblikovanje. Što je za ostale klubove bila gotovo rutinska operacija spasa, potpuno promašeni koncept provedbe preoblikovanja od ljudi koje je grad kao nositelj procesa zadužio za isti, rezultirao je odustankom od spašavanja i slanjem kluba u stečaj u ljeto 2015. godine.
Kako je NK Varaždin ŠN te sezone kad je NK Varaždin odigrao svoju posljednju službenu sezonu osvojio 1. županijsku ligu, zauzeo je mjesto ugaslog kluba u natjecanju, a više od stotinu igrača starog kluba preregistrano je u novi klub, preimenovan u NK Varaždin. Kompletna djelatnost i natjecateljski statusi prebačeni sa dva na jedan preostali klub.

 

"NOVI" POČETAK