Klub je osnovan 26. travnja 1945. godine. Prvi predsjednik kluba bio je Stanko Klarin. Tijekom 1954. spajaju se tri kluba: Zadar, Arbanasi i Sloga i od tada klub nosi ime NK Sloga. 14. lipnja 1964. spajaju se Zadar i Tekstilac u Tekstilni kombinat NK Zadar. Od 1976. klub nosi ime NK Zadar.

Njihov najveći uspjeh u kupu Hrvatske ostvaren je u sezoni 1995./96., kada su stigli do polufinala.

U 2001., klub se vratio u Prvu HNL, gdje je proveo četiri uzastopne sezone, ali je opet ispao iz lige nakon što je teško poražen od Dinamo Zagreba na Maksimiru (7:0.), koji je utakmicu završio u 62. minuti nakon što Zadar ostao s premalim brojem igrača zbog crvenih kartona i ozljeda igrača.

Nakon dvije sezone NK Zadar se vratio u Prvu HNL 30. svibnja 2007., nakon pobjede NK Pule u doigravanju za promociju, 6:2 na produžetke.Stadion NK Zadra je Stadion Stanovi s kapacitetom 3,800