Pupovac je bio jedan od ljudi koji je bio među prvim organizatorima političke opozicije u Jugoslaviji (uz danas jednako prezrenog Puhovskog), tražeći kraj jednopartijskog režima i slobodne izbore. U vrijeme kada se zbog toga moglo otić na hlađenje par mjeseci do godina
dalje, odmah na početku se razišao s Raškovićem i SDS-om, da se smire, da rade gluposti i da će to loše završiti
Kada je početkom 1991. Milan Babić raspisao referendum za nezavisnost tzv. Krajine Milorad Pupovac u Slobodnoj Dalmaciji izjavljuje: "Refrendum je za srpski narod u Hrvatskoj opasan i posve neprihvatljiv čin suicidalnog samodržavlja."
U jesen 1991. na haškoj konferenciji podržava nezavisnost Hrvatske, na što reagira beogradski list Politika: "Vas su, gospodine Pupovac, u Haag privele hrvatske vlasti!"
[uredio ian wright - 26. studenog 2025. u 17:44]