Komisija za licenciranje HNS-a dala je svoju ocjenu kriterija na temelju dokumentacije koju su dostavili klubovi - tražitelji licenci, te sukladno Pravilniku donijela odgovarajuće odluke o licencama, objavljeno je na službenim stranicama HNS-a.
Licence za Prvu HNL nisu dobili: Osijek, Karlovac, Cibalia, Split, Šibenik, Hrvatski dragovoljac, Rijeka i Zadar. Protiv odluka Komisije za licenciranje, klubovi imaju pravo na žalbu u roku od 8 dana od primitka odluke.
I prošlih godina je bilo problema oko licenciranja, no svi klubovi koji su se žalili na koncu su dobili 'zeleno svjetlo'.
Izdane licence za 2011/12. UEFA klupska natjecanja:
1. NK DINAMO
2. HNK HAJDUK
3. NK INTER ZAPREŠIĆ
4. NK ISTRA 1961
5. NK SLAVEN
6. NK VARAŽDIN
Izdane licence za 2011/12. PRVU HNL:
1. NK DINAMO
2. HNK HAJDUK
3. NK INTER ZAPREŠIĆ
4. NK ISTRA 1961
5. NK LOKOMOTIVA
6. NK SLAVEN
7. NK VARAŽDIN
8. NK ZAGREB
Izdane licence za 2011/12. DRUGU HNL:
1. HNK GORICA
2. NK HAŠK
3. NK ISTRA 1961*
4. NK LUCKO
5. NK POMORAC
6. NK RADNIK***
7. HNK SEGESTA***
8. NK SOLIN
9. NK VARAŽDIN*
10. NK VINOGRADAR*** Treća HNL * Prva HNL