Trenerska karijera

Po umirovljenju, 1997. godine postao je sportski direktor u "svom" NK Osijeku, a od 1998. godine je i vlasnik UEFA PRO trenerske licence, nakon čega se počeo baviti trenerskim poslom te trenirati brojne klubove iz Prve HNL.

Njegov prvi trenerski posao bio je posao pomoćnog trenera Ivu Šušku u NK Zagrebu, u sezoni 1999./2000. Sezonu kasnije je i sam preuzeo kormilo NK Zagreba te mu je angažman u tom klubu bio prvi samostalni trenerski posao. Ta prva trenerska sezona bila mu je izuzetno uspješna jer je sa Zagrebom uspio osvojiti četvrto mjesto u ligi te doći do polufinala hrvatskog Kupa. U sezoni 2002./2003. otišao je s kormila NK Zagreba te je počeo trenirati NK Marsoniju iz Slavonskog Broda. Tada je taj klub bio drugoligaš, no nakon samo jedne godine pod Karačićem, Marsonia je izborila Prvu ligu.

Godinu kasnije Karačić nije mogao odoljeti zovu svog Osijeka pa se prihvatio posla treniranja tog kluba. U sezoni 2003./2004. Karačić je s Osijekom napravio također velik uspjeh, osvojivši četvrto mjesto u 1. HNL te došavši do četvrtfinala hrvatskog Kupa. No, usprkos tome, sljedeće sezone nije ostao trenerom Osijeka, već je prešao u Slaven Belupo, koji ga je pozvao u svoje redove. U Slavenu se Karačić kao trener zadržao također jednu sezonu, ali je izborio šesto mjesto u Ligi te plasman u tadašnji Intertoto kup. Tada je sa Slavenom igrao i protiv španjolskog velikana - Deportivo La Corune. Karačiću je to bio prvi nastup s nekim klubom u europskim kupovima.

U sezonu 2005./2006. Karačić je ušao kao trener Cibalije, iz svojih rodnih Vinkovaca, a s njom je osovojio deveto mjesto u Prvoj HNL. Zatim je jednu sezonu pauzirao od treniranja, a trenerskom poslu vratio se 2007. godine kao strateg Slavonca iz Starih Perkovaca. Od 2007. do 2009. godine Karačić je trenirao Slavonac te s njim polučio povijesni uspjeh za taj klub - plasman u Prvu HNL. Međutim, Slavonac zbog financijskih razloga nikada nije zaigrao u najelitnijem razredu hrvatskog nogometa.

Godine 2009. Karačić odlazi iz Slavonca i preuzima klupu HNK Šibenika, s kojim je te sezone ostvario povijesni uspjeh za taj klub. U Ligi je završio na četvrtom mjestu, što je najbolji rezultat Šibenika u HNL-u uopće, a došao je i do finala Kupa, koji je Šibenik izgubio od Hajduka. Šibenik se te sezone kvalificirao u Europsku ligu, u kojoj je prošao prvo pretkolo. U drugom pretkolu Šibenik je "naletio" na tada vrlo jaki ciparski Anorthosis od kojeg je i ispao. Karačić se potom vratio u svoj Osijek, u kojem je odradio do kraja sezonu 2010./2011.

Na početku sljedeće sezone, Karačić je preuzeo hercegovačk klub, Široki Brijeg, s kojim se po prvi puta u karijeri okušao u BiH Premijer ligi. Avantura je trajala jednu sezonu, a Karačić je ponovno bio vrlo uspješan jer je došao do finala Kupa te je u Premijer ligi osvojio drugo mjesto. Na kraju te sezone, otišao je iz Širokog u Mostar te postao trenerom HŠK Zrinjskog, s kojim je ostvario svoje najveće uspjehe u dosadašnjoj trenerskoj karijeri.

Trener Zrinjskog je i danas, od 2012. godine, a u sezoni 2013./2014. uspio je s tim klubom osvojiti BiH Premijer ligu, ispred Željezničara i ostalih moćnijih i bogatijih bosanskohercegovačkih nogometnih klubova. Naslov prvaka s "autsajderom" Zrinjskim najveći je uspjeh trenerske karijere Branka Karačića. Sljedeće sezone, 2014./2015. Karačić je sa svojim Zrinjskim nastupio u kvalifikacijama za Uefinu Ligu prvaka te je ispao od slovenskog NK Maribora.

Kao trener, Branko Karačić je poznat po svom velikom znanju taktike, željeznoj disciplini i napadačkom stilu. Voli davati šansu mladim i nedokazanim igračima, a stoga je i poznat kao trener koji je prvi dao priliku nekima od danas vrlo eminentnih nogometaša poput Antonija Franje, Ognjena Vukojevića, Danijela Pranjića, Ermina Zeca, Marka Babića, ili Arijana Ademija.