Obnovom Mrkanjsko - duvanjske biskupije, a dolaskom Austrugarske vlasti, franjevcima je data ovlast da postavljaju biskupa što je jedinstven slučaj pošto nigdje drugo to pravo nisu imali. Prvi biskup je tada bio fra Paškal Buconjić koji je trebao popisati župe i odrediti koje će pripasti franjevcim, a koje dijecezencima. Na to su ga obvezale i kasnije papinske odluke. I pored toga, a zbog velike podrške i ugleda koji su franjevci uživali kod naroda, provedba tih odluka je stalno odugovlačena. Sukob je kulminirao tijekom šezdesetih godina kada je Sveta Stolica odlučila provesti odluke. Tako je i kardinal Kuharić 1968. sa tadašnjim mostarskim biskupom izbačen iz Širokog Brijega i Gruda.

Sukob se natročito zaoštrio pojavom fenomena Međugorja koje je pod jurisdikcijom franjevaca. Tadašnji lokalni biskup Čule, a naročito sadašnji Perić, ne priznaju ukazanje Gospe i u Vatikanu zagovaraju njegovo ne priznavanje.

1996. sukob kulminira u Čapljini kada su franjevci trebali predati župu što je fizički spriječeno, a ulaz u crkvu je od tada zazidan. Tada je u Mostaru biskup Perić otet i držan u zatočeništvu osam sati. Franjevci koji su se suprotstavili odlukama Svete Stolice su izbačeni iz reda, ali neki od njih su nastavili sa radom i podjelom sakramenata.

Naročito je interesantna pojava lažnog biskupa Srećka Franje Novaka tijekom 2001. godine. On je tada podijelio sakrament krizme za nekoliko stotina hercegovačkih dječaka i djevojčica. Kasnije se ispostavilo da se lažno predstavljao za biskupa i da je , u stvari, đakon starokatoličke crkve koja ne priznaje papu.

Sukob se nastavio do današnjih dana. Prije nekoliko dana fra Jozo Zovko karizmatični svećenik iz Širokog Brijeg, egzercionist i župnik u Međugorju u vrijeme ukazanja Gospe je premješten u samostan na otoku Badija kod Korčule kako bi imao što manje utjecaja na ovdašnja zbivanja.

Samo jedan podatak o tome zašto su franjevci toliko cijenjeni u hercegovačkom puku. Pored toga što su obrazovali (čuvena gimnazija na Širokom Brijegu) i hranili ovdašnji narod kroz povijest, na kraju II svjetskog rata dolaskom partizana (veljača 1945) su doživjeli veliku tragediju. Samo zato što su odlučili ostati uz svoj narod. Tada je pobijeno i bačeno u Neretvu i raznorazne jame, 66 članova hercegovačke franjevačke provincije

na ulazu u medjugorje prema ljubuskom,ima slika na netu al nezam stavljat pa ako netko hoce nek se javi na pm da mu dam link