Fikretova vojska pod mentorstvom Srbije u vidu zloglasne jedinice "Škorpioni" je počinila strašne zločine nad Bošnjacima koji su bili vjerni Bosni i Hercegovini. Zbog tih zločina Fikret Abdić je proglašen krivim i dobija najveću moguću zatvorsku kaznu u Hrvatskoj pred sudom u Karlovcu, koja je potvrđena i pred Vrhovnim sudom Hrvatske, te nakon žalbe ponovo potvrđena s jedinstvenom i konačnom kaznom od 15 godina zatvora.

Operacija "Pauk"

Vojska Fikreta Abdića učestvuje u saradnji sa srbijanskom specijalnom jedinicom "Škorpioni" u operaciji koja je imala kodno ime "Pauk", i bila je vezana za područje Cazinske krajine. Za borbu protiv Atifa Dudakovića, komandanta Armije BiH u Bihaću, Abdiću je sa svih okupiranih srpskih teritorija stizala značajna pomoć u oružju, municiji, nafti i ostalim strateškim sirovinama, ali i u ljudstvu.

Koliko je za Srbiju bilo značajno uspostavljanje Abdićeve državice vidi se po tome što je na području RSK, uz samu granicu sa APZB (preko rijeke Une), u selu Šamarice bio oformljen poseban štab za podršku Abdiću. Načelnik tog štaba bio je Jovica Stanišić, zamjenik je bio Frenki, ali je sa njima bio i general srpske vojske Krajine Mile Novaković. Pomoć Fikretu Abdiću su obezbjeđivali Simatović i Stanišić dovlačeći potrebnu robu za rat, od Arkanovih "Tigrova", preko "Pantera" Ljubiše Savića Mauzera, do "Škorpiona".

Logori

Po nalogu Fikreta Abdića otvaraju se logori za Bošnjake vjerne Ustavu RBiH. U Drmeljevu je bio logor kroz koji je za dva mjeseca proslo 520 ljudi. U jednom dopisu Abdićevih autonomaša, od 12. januara 1995, piše da je u "vojnom zatvoru Miljkovići 1.567 zatvorenika". Logore u Kladuši je obišao i Tadeusz Mazowiecki, specijalni izaslanik za ljudska prava, i nakon toga pisao Fikretu Abdiću upozoravajući ga da se ljudi drže bespravno, da su uslovi loši, da su im ugrožena sva prava (premlaćivanje i zlostavljanje itd.), na što Fikret Abdić nije reagovao.

Slom autonomije

Sporazum o Federaciji BiH i savezništvu Bošnjaka i Hrvata doveli su Abdićevu ideju o stvaranju SAP Zapadne Bosne u krizu. Kada su jedinice Petog korpusa Armije BiH, pod komandom generala Atifa Dudakovića, sredinom avgusta 1994. umarširale u Veliku Kladušu Fikret Abdić prelazi u Hrvatsku. Ipak Abdić se nakratko vratio i uz pomoć Martićevih srpskih pobunjenika preuzeo Veliku Kladušu, nakon čega je proglasio tzv. Republiku Zapadnu Bosnu. Nakon akcije "Oluja" hrvatske vojske 1995, kada se ruši srpska paradržava u Hrvatskoj, Armija BiH istovremeno potiskuje Abdića iz Cazinske krajine.

Poslijeratne djelatnosti i presuda

Ubrzo nakon rata Abdić se nastanio u Opatiji i posvetio vođenju preduzeća, čije je središte u hotelu "Kontinental", u samom središtu Rijeke. U Bihaću je u međuvremenu Abdić optužen za smrt 121 civila i trojice ratnih zarobljenika, te za ranjavanje više od 400 civila na bihaćkom, cazinskom, bužimskom i velikokladuškom području 1993. i 1994. godine. U julu 2002. godine Sudsko vijeće Županijskog vijeća u Karlovcu osudilo ga je nepravomoćnom prvostupanjskom presudom na kaznu od 20 godina zatvora, što je najteža moguća zatvorska kazna u Republici Hrvatskoj. Karlovački Županijski sud osudio je Abdića da je protivno Ustavu BiH proglasio tzv. Autonomnu pokrajinu Zapadnu Bosnu (APZB) i kao vrhovni zapovjednik tzv. Narodne obrane Zapadne Bosne naredio, planirao i organizirao otvaranje logora i prihvatnih centara u velikokladuškoj općini u koje su zatvarani protivnici uspostave APZB-a.

Petočlano vijeće Vrhovnog suda Hrvatske razmatralo je 8. februara 2005. godine, žalbu Fikreta Abdića na odluku tog suda kojom mu je potvrđena dvadesetogodišnja zatvorska kazna Županijskog suda u Karlovcu zbog ratnog zločina počinjenog u takozvanoj autonomnoj pokrajini zapadna Bosna od 1993. do 1995. godine. Dana 3. marta 2005. Vrhovni sud Hrvatske donio je konačnu presudu za ratni zločin, Fikretu Abdiću nakon podnesene žalbe pod nazivom: "Presuda br. III Kž-2/04-11 od 8.2.2005. protiv opt. Fikreta Abdića", kojom se Fikret Abdić proglašava krivim, te je određena jedinstvena kazna zatvora u trajanju od 15 godina.